Affymetrix GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片

最高分辨率的基因芯片，支持所有转录本异构体的全转录组分析
研究表明，数万个人类基因中包含了几万个外显子，他们产生了几十万个不同的转录本异构体。当基因的外显子在加工好的信使RNA中被保留或去除时，这些转录本异构体就产生了。选择性剪接的五个基本模式为:

• 外显子跳跃 ( Exon skipping )
• 选择性3' 端供体位点 ( Alternative3' donor sites )
• 互斥外显子 ( Mutually exclusive exons)
• 内盒子保留( Intronretention )
• 选择性 5'端供体位点 (Alternative 5' donorsites )

芯片及服务特点

• 包含超过六百万条不同探针，覆盖编码和非编码转录本 。

• 芯片设计和注释的数据库来源包括：

• 该芯片为每个外显子设计约10条探针，每个外显子之间的剪接点有4条探针。确保每个实验室都能获得完整、准确和可重复的数据。

-个典型的基因 (LMNB1 ，如下图所示)包含了许多转录本异构体，测定每个转录本异构体相对丰度的变化为疾病和生物学研究提供 了新的启示. HTA提供了外显子和亚外显子水平的表这变化分析，同时能检测可变剪切所产生的转录本异构体.每个独特外显子区域 都设计了10条探针以检测一个篡因所有转录本异构体.此外，HTA为每个己知的可变剪切位点设计了 4条特异的探针(未在图中显示) ，每个基因平均有140条探针.通常 RNA-Seq实验只和RefSeq数据库进行比对分析，在这个例子中， LMNB1基因只有3个转录本异构体可以通过 RNA-Seq检测到（第2、3和13条转录本异构体)。HTA整合了多个数据库的内窑，实现了了所有的15个转录异构体的 全面分析。

• 与RNA-Seq比较数据：

对于RNA-Seq，测序的深度以及表达水平都影响精确性；GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0（HTA）无论转录本丰度高低均能提供精确的基因表达数据。

通过-个线性样本混合物模型( Linear Tissue MixtureModel)评估了所育外显子的表达水 平检测的准确性 ，该 模型根据预先设定的比例混合两个 RNA标准品. y轴是 检测错误或(D-Cν(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation， 平均绝对偏差)的绝对值，其中标准品 A= Universal Human Reference RNA(UHRR) ，AgilentTl hnologies，nI c.; 标准品B= Human Brain Reference RNA (HBRR) ，Life Technologies，n!c.; C=75%A+25% B; D=25%A+75%B。 HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeqT 2000系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.

 RNA- Seq 的准确性取决于测序深度。 GeneChip Human Transcriptome Array 2.0( HTA)提供了准确的结果 ，真准确性相当于2个Lane的RNA-Seq数据。

通过一个线性样本混合物模型(Li near Tissue Mixture Model)评估了所有外显子的表达水平检测的准确性 ，该模型根据预先设定的比 例混合两个RNA标准品。 y轴:是检测错误或(D-C)j(B-A))的MAD (Mean Absolute Deviation，平均绝对偏差)的绝对值，其中标准品 A=Universal Human Reference RNA(UHRR) ，Agilent Technologies，Inc. ;标准品B=Human Brain Reference RNA(HBRR) ， Life Technologies ，lnc. ; C=75%A+25%B ; D=25%A +75%B. HTA芯片提供的全转录组基因表达测定的准确性相当于 HiSeq 2000 系统上2个Lane测序数据所带来的准确性.

• 重复性高（批内相关系数≥0.99），所有检测过的组织观察到的变异系数（CV）＜6.5%
• 样品类型既包括新鲜冻存样品，也包括FFPE样本。
• 完整的数据分析解决方案

利用Affymetrix Transcriptom Analysis Console ( TAC )软件迦行数据分析.
可提供更加简便而全面的数据分析:用于选行基因水 平、外显子水平、 可变剪接分析 ;操作简便，只需四步即可进行完整的生物信息 分析;能够更加直观的展示芯片中发现的重要差异基因;并能够发现、区分并展示不同 transcript isoforms ;同时，将结果与公用数 据库链接比对。