(1)Illumina DNA甲基化芯片服务
目前,人类甲基化芯片研究服务中,增至两款高性价比芯片产品:
A.?Infinium?HumanMethylation450 BeadChip 经典!(代称“450K”)
1、450,000多个甲基化位点;覆盖了96%的CpG岛;
2、Methylation 27 BeadChip的>90%的位点。
样本数:每张芯片平行检测12个样本
模板量:1μg
B.Infinium?HumanMethylationEPIC BeadChip New!(代称“850K”)
1、可检测853,307个CpG位点
2、特别加强了增强子区以及基因编码区的探针覆盖;
3、涵盖Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中的>90%的内容。
样本数:每张芯片平行检测8个样本
模板量:可低至250ng
产品名称 |
850 K |
450K |
位点 |
1、可检测853,307个CpG位点 2、特别加强了增强子区以及基因编码区的探针覆盖; 3、涵盖Infinium Methylation 450 BeadChip芯片中的>90%的内容。 |
1、450,000多个甲基化位点;覆盖了96%的CpG岛; 2、Methylation 27 BeadChip的>90%的位点。 |
样本数 |
每张芯片平行检测8个样本 |
每张芯片平行检测12个样本 |
模板量 |
可低至250ng |
1µg |
FFPE样本 |
适用 |
适用 |
2.实验流程:
在亚硫酸氢盐的处理下,没有甲基化的胞嘧啶(C)转化为尿嘧啶(U);甲基化的胞嘧啶则不受影响。
3.Illumina Human 甲基化芯片的优势:
A. 覆盖全面;
B. 无需“甲基化DNA免疫共沉淀”,亚硫酸氢盐处理基因组DNA即可进行芯片实验;
C. Infinium探针设计,直接识别甲基化位点;
D. 高技术重复性;
E. PCR-Free
F. 适用FFPE样本。
4.芯片原理(探针设计):
Illumina Human 甲基化450K芯片采用Illumina BeadArrayTM Infinium技术,特异性的识别甲基化位点。在甲基化450K芯片中,同时采用了Infinium Ⅰ 和Infinium Ⅱ 探针设计,从而使得检测范围最大化。
(1)Infinium Ⅰ 探针设计
对于每个甲基化位点,都对应设计有两种探针:M型磁珠、U型磁珠。M型磁珠尾部为G,用来检测甲基化位点。U型磁珠尾部为A,用来检测未甲基化位点。
基因组上的某一位点,如果被甲基化了,那么在亚硫酸氢盐的处理下,GC仍为GC,与M型磁珠配对,荧光标记的核苷酸掺入后能被检测到荧光信号。M型磁珠发光。反之,如果没有被甲基化,那么在亚硫酸氢盐的处理下,GC变为GT,与U型磁珠配对,延伸后U型磁珠发光。
(2)Infinium Ⅱ 探针设计
Infinium Ⅱ 探针只使用一种磁珠,探针末端为C。配对后只掺入单个碱基( ddNTP-BioT, ddNTP-DNP)。根据荧光类型判断掺入的碱基类型,从而判断是否被甲基化。
Human甲基化芯片大多数探针都是Infinium Ⅱ 探针。