微生物多样性测序（又称扩增子测序）是利用二/三代测序平台，对16S rDNA/18S rDNA/ITS/功能基因等特定区段PCR产物进行高通量测序，突破传统微生物不可培养的缺点，获得环境样本中的微生物群落结构、进化关系以及微生物与环境相关性等信息。

适用范围

       1. 医学领域：常见疾病与人体微生物的关系；

       2. 动物领域：肠道、瘤胃（如产甲烷菌类群）与动物健康/营养消化研究等；

       3. 农业领域：根际微生物与植物互作、农业耕作/施肥处理与土壤微生物群落等；

       4. 环境领域：雾霾处理、污水治理、石油降解、酸性矿水处理及海洋环境等；

       5. 特殊极端环境：极端环境条件下的微生物类群研究。