蛋白互作分析是对蛋白质的相互作用进行分析，在互作分析完成后常常结合质谱等技术对互作蛋白进行鉴定。百泰派克生物科技提供蛋白质互作分析和后续质谱鉴定的服务。

蛋白相互作用是指两个或两个以上的蛋白质分子结合形成蛋白质复合体的一个过程。一般情况下，蛋白质都是由多个蛋白质分子相互协调共同实现复杂的细胞功能。因此研究蛋白相互作用有利于探索生命体的细胞功能、了解疾病的发生发展、找寻特定的疾病预测和治疗方法，并且为新药研发提供新的思路。蛋白质互作分析的方法较多，这里简单的介绍一下免疫共沉淀法（CO-IP）结合质谱联用的蛋白互作分析、GST融合蛋白Pull-down技术结合质谱联用的蛋白互作分析以及SILAC与免疫共沉淀结合质谱联用的蛋白互作分析。

免疫共沉淀法（CO-IP）结合质谱联用的蛋白互作分析

免疫共沉淀法（CO-IP）是利用抗原抗体之间的特异性来检测蛋白质之间的生理性相互作用的一种方式。实验中使用非离子变性剂来裂解细胞，细胞内的蛋白相互作用被保存下来，在其中加入相应的抗体，使抗体与细胞中的特异蛋白质结合，再加入蛋白A/G形成抗体蛋白复合物，进行离心、分离，使抗体蛋白复合物沉淀，弃去上清液，最后用质谱技术鉴定沉淀下来的蛋白质，进而证明两者间的相互作用。

GST融合蛋白Pull-down技术结合质谱联用的蛋白互作分析

GST融合蛋白pull-down沉降技术，利用基因重组将GST标签插入到目标蛋白上，谷胱甘肽包裹的磁珠与目标融合蛋白结合，加入细胞裂解液后，具有相互作用的蛋白被融合蛋白吸附，加入过量的谷胱甘肽进行洗脱，最后用MS技术分析。

SILAC与免疫共沉淀结合质谱联用的蛋白互作分析

利用SILAC方法分别标记实验组和对照组细胞后进行Co-IP实验，依靠抗原与抗体之间的专一性反应分离得到免疫复合物；再通过LC-MS/MS来定性/定量检测免疫复合物中的蛋白；当实验组与对照组中某个蛋白质的含量达到统计学差异时，判定这个蛋白质与研究的蛋白具有相互作用，可极大降低蛋白质互作假阳性结果可能性。