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  • 服务简介:

    概述

    扩增子测序 是对特定长度的PCR产物或者捕获的片段进行测序，主要包括16S rDNA测序、18S rDNA测序、ITS 测序及功能基因检测等。采用illumina MiSeq第二代高通量测序平台测定的16S/18S/ITS某个高变区域的序列， 来反映环境样品在细菌、真菌、古菌分类方面物种之间的差异，对研究皮肤、口腔、肠道粪便等环境中的微生 物构成有重要的指导作用；同样，也可通过对某些功能基因片段的测序，挖掘更多的生物学信息。
    16S rDNA 测序：16S rDNA为编码原核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列，具有10个保守区域和9个高变区域（下图，V1-V9），保守区在细菌间差异不大，高变区具有属或种特异性，对16S rDNA某个高变区进行测序，用于研究环境微生物中细菌或古菌的群落结构多样性。

    18S rDNA测序：18S rDNA为编码真核生物核糖体小亚基rRNA的DNA序列。对18S rDNA某个高变区进行测序，用于研究环境样本中真核微生物群落结构多样性。

    ITS测序：ITS分为两个区域：ITS1和ITS2，ITS1位于真核生物rDNA序列18S和5.8S之间，ITS2位于真核生物rDNA序列5.8S和28S之间。对ITS1和ITS2进行测序，用于研究环境微生物中真菌群落结构多样性。

    目标区域扩增子测序：根据客户的研究需求，利用第二代高通量测序技术，对某些目标基因的PCR产物提供测序及分析服务。
    实验路线

    样本要求

    常见环境样本（请使用干冰或冰袋运送）
    土壤、淤泥、沉积物 ≥3 g ；粪便 ≥500 mg ；组织样本≥1 g； 水体送样为过滤后的滤膜（最适滤膜直径3-4 cm，孔径 大小一般选择0.22 μm或0.45 μm）； 拭子样本≥2个
    DNA或PCR产物（请使用干冰或冰袋运送）
    DNA：浓度≥30 ng/ μl，总量≥1ug；DNA要有明显主带，无降解，无RNA、蛋白等污染。
    PCR产物：浓度≥20 ng/ μl，总量≥400 ng，片段大小＜450 bp，条带单一，无降解，无引物二聚体

    技术参数